Την Τετάρτη 9 Οκτωβρίου έγινε η κλήρωση του Πρωταθλήματος 2018-2019. Επί κεφαλής των ομίλων τέθηκαν οι ομάδες που συμμετείχαν πέρσι στο Final Four, ενώ στο δεύτερο και τρίτο γκρουπ δυναμικότητας βρέθηκαν οι ομάδες που πέρσι έπαιξαν στην γ΄ και β΄φάση της διοργάνωσης αντίστοιχα.
Οι όμιλοι όπως προέκυψαν από την κλήρωση είναι οι εξής :
| Α' ΟΜΙΛΟΣ |
| Οδοντιατρική |
| Ιατρική |
| Σ.Σ.Α.Σ. |
| Iατρική 2 |
| Πληροφορικής |
| Β' ΟΜΙΛΟΣ |
| Ηλεκτρολόγων ΜΜΥ |
| Φυσικό |
| ΤΕΦΑΑ |
| Πολιτικών Επιστημών |
| Βιολογίας |
| Νομική |
| Γ ' ΟΜΙΛΟΣ |
| Χημικών Μηχανικών |
| Μαθηματικό |
| Ηλεκτρολόγων ΜΜΥ 2 |
| Δημοσιογραφίας & ΜΜΕ |
| Ηλεκτρολόγων ΜΜΥ 3 |
| Ψυχολογίας |
| Δ' ΟΜΙΛΟΣ |
| Φαρμακευτική |
| Κτηνιατρική |
| Δασολογίας |
| Πολιτικοί Μηχανικοί |
| Μηχανολόγοι Μηχανικοί |
| Γεωλογία |
