Την Τρίτη 11 Οκτωβρίου έγινε όπως είχε προγραμματιστεί η κλήρωση του Πρωταθλήματος για την περίοδο 2011-2012. Οι ομάδες που συμμετείχαν πέρσι στο Final Four τέθηκαν επικεφαλής των 4 ομίλων, ενώ οι άλλες 4 ομάδες που ήταν αντίπαλοί τους στη φάση των "8" μπήκαν επίσης σε διαφορετικούς ομίλους. Στο Πρωτάθλημα δήλωσαν συμμετοχή και εκπροσωπήθηκαν στην κλήρωση 22 ομάδες, στο τέλος της οποίας δημιουργήθηκαν οι παρακάτω όμιλοι:
Α΄ ΟΜΙΛΟΣ :1) Μαθηματικό, 2) Φιλοσοφική, 3) Φυσικό, 4) Αρχιτεκτονική, 5) Φαρμακευτική, 6) Πληροφορική.
Β΄ΟΜΙΛΟΣ : 1) Μηχανολόγοι, 2) Οικονομικό, 3) Οδοντιατρική, 4) Γεωλογία, 5) Γεωπονία, 6) Δασολογία.
Γ΄ΟΜΙΛΟΣ : 1) Τοπογράφοι, 2) ΤΕΦΑΑ, 3) Νομική, 4) Ιατρική Πληροφορικής, 5) Κτηνιατρική, 6) Οικονομικό 2.
Δ΄ ΟΜΙΛΟΣ : 1)Ηλεκτρολόγοι, 2) Πολιτικοί Μηχανικοί, 3) Ιατρική, 4) Ιστορικό-Αρχαιολογικό, 5) Χημικοί Μηχανικοί, 6) Φιλοσοφική 2.
Λόγω των έκτακτων εξεταστικών περιόδων που ανακοινώθηκαν σε κάποιες σχολές, αλλά και της πιθανότητας συγχώνευσης κάποιων ομάδων ενδέχεται να υπάρξει κάποια μικρή τροποποίηση στους ομίλους, για την οποία θα ενημερωθούν οι ομάδες εγκαίρως.
